Au début du XVIIe siècle, les communautés monastiques cisterciennes, si prospères au XIIIe siècle, ont été secouées par une longue période de turbulences (Guerre de Cent ans, guerres de religion, épisodes de peste). Elles sont désormais réduites et désorganisées, plongées dans un profond dénuement, établies dans des bâtiments laissés à l'abandon. La vie spirituelle en pâtit gravement. C'est dans ce contexte, alors que la Contre-Réforme vise à contrecarrer l'influence de la Réforme protestante, qu'une génération de femmes joue un rôle majeur dans la famille cistercienne. Jeanne de Courcelles de Pourlans (1591-1651) est l'une d'entre elles.
Jeanne de Courcelles de Pourlans
En 1618, l'abbé de Cîteaux, Nicolas II Boucherat, demande à Jeanne de Pourlans de venir rejoindre la communauté de Tart, la première abbaye féminine de l'ordre cistercien, fondée en 1125 par Étienne Harding. Pour insuffler l'esprit de la Contre-Réforme, la jeune abbesse encourage ses moniales à se vêtir modestement, à exécuter des travaux manuels, à observer le jeûne et la clôture.
En 1623, Jeanne de Pourlans arrive à Dijon, accompagnée de cinq religieuses et de deux novices. Après un bref séjour auprès des Visitandines, elles s'établissent dès 1624 dans une maison entourée d'un jardin, dans "un quartier fort désert", la rue des Craies, actuelle rue Sainte-Anne. Quelques parcelles, progressivement acquises, permettent l'édification de cellules, d'un réfectoire et d'une modeste chapelle.
Une installation progressive
En 1679, la propriété s'étend jusqu'aux remparts de la ville. Des dépendances (boulangerie, charbonnier, bûcher, poulailler, latrines ou maisonnette pour les jardiniers) s'organisent entre cours et jardins. Un grand chantier s'ouvre avec la construction du cloître sur trois niveaux. Les cellules, le réfectoire, la salle de la communauté mais aussi l'infirmerie, la buanderie, les caves et resserres y trouvent alors leur place.
Seront encore édifiés la maison du chapelain (1693), l'église qui remplace la première chapelle (1710) et le bâtiment qui complète l'ensemble, la maison des sœurs tourières (1767). Ce dernier édifice est occupé par les sœurs qui ont le privilège d'être au contact avec le monde des séculiers. Elles sont chargées de procurer à la communauté ce dont elle a besoin, de vendre à l'occasion les produits du monastère ou de prévenir une sœur demandée au parloir.
En 1792, la Révolution chasse les Bernardines du monastère. L'État saisit les biens et s'apprête à vendre le monastère subdivisé en sept lots. En réalité, seule la maison du chapelain est vendue en 1795. Mais une caserne s'installe dans le monastère et l'église est un temps occupée par les Théophilanthropes avant d'accueillir, dès 1804, les œuvres d'art provenant de monastères détruits à la Révolution comme l'autel de Jean Dubois, conçu en 1670 pour l'église des Visitandines